Azure AD 連携でユーザー登録する際に、特定のユーザーのみ除外する事はできますか？

いいえ。Azure AD 連携では、お客様環境（Azure環境）に登録されている全ユーザーが対象となります。
特定のユーザーを除外したい場合は、Azure AD 連携後にエンゲージに登録された該当ユーザーの削除にてご対応ください。

■ユーザー削除手順　※admin（管理者）権限が必要です。

＜個別ユーザー削除（少数の場合）＞
１．エンゲージ管理サイト＜https://manage.engauge.works/＞にアクセスします。
２．「ユーザー」メニュー＞「ユーザー設定」でユーザー一覧を表示します。
３．削除対象ユーザーにチェックをし「ゴミ箱」アイコンをクリックします。
　　※複数ユーザーを選択する事で一括削除も可能です。
４．確認画面が表示されたら内容を確認し「OK」をクリックします。

＜CSVで一括削除＞
１．エンゲージ管理サイト＜https://manage.engauge.works/＞にアクセスします。
２．「ユーザー」メニュー＞「ユーザー設定」＞画面右上のCSV「エクスポート」をクリックします。
３．確認のポップアップが表示されたら「OK」をクリックすると、エクスポートが実行されます。
４．エクスポートしたCSVファイルを開き、削除対象ユーザーの「M列：削除」に「〇」を入力しCSVファイルを更新（上書き保存）します。
５．更新したCSVファイルをインポートする事で更新内容が反映します。

※CSVインポートの場合、必須項目・入力形式等指定があります。詳細およびCSVインポート手順は以下のサポート情報をご参照ください。

CSV ファイルでユーザーを登録する – サポート (zendesk.com)